PRJEB128316：自噬缺陷小鼠角质形成细胞/衰老/刺激

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB128316

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

自噬是一种受调控的细胞内自我消化机制，在应激代谢适应、发育、蛋白质稳态以及衰老过程中维持细胞稳态方面具有功能。在表皮角质形成细胞中敲除自噬并不妨碍功能性表皮和渗透屏障的形成，但会导致对损伤应激的易感性增加、代谢改变以及加速衰老表型。我们在此研究了通过角蛋白14驱动的Atg7敲除实现表皮自噬缺陷后，如何影响年轻和老年小鼠表皮的脂质组成。利用质谱脂质组学，我们发现自噬缺陷小鼠表皮中年龄相关的储存脂质积累减少，并且多个脂质类别中脂肪酸链长和饱和度发生特异性变化。转录组学和免疫染色表明，这些变化伴随着脂质和脂肪酸转运蛋白表达及定位的改变，其中最显著的是自噬敲除小鼠中的脂肪酸结合蛋白5（FABP5）。

因此，在老年阶段维持自噬活性可能是保持哺乳动物表皮脂质稳态所必需的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。