NCBI BioSystems 数据库

此次退役包括 BioSystems 记录在 NCBI Entrez 系统中的呈现以及 BioSystems 内容的查看器

re3data
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其他内分泌营养和代谢疾病代谢通路生物系统PubChem PathwaysNCBI Entrez
NCBI BioSystems Database

基本信息

模态
其他
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

NCBI BioSystems 数据库

NCBI BioSystems Database 是一个以生物系统相关记录为对象的数据库资源,其英文名称为 NCBI BioSystems Database。本站将其归入“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”分类。该数据集的相关信息来源于 web.archive.org 的存档页面。根据源站描述,该数据库所涉及的一项退役安排包括 BioSystems 记录在 NCBI Entrez 系统中的呈现,以及 BioSystems 内容的查看器;NCBI 目前通过定期更新的 PubChem Pathways 资源提供代谢通路及其他生物系统数据,该资源提供新颖、扩展且更现代的界面。以下依据现有信息对该数据集作进一步说明。

【数据集背景】

NCBI BioSystems Database 是 NCBI 体系下与生物系统记录相关的数据库资源。从源站描述可知,该资源经历了一次退役过程,此次退役的范围明确包括两个方面:一是 BioSystems 记录在 NCBI Entrez 系统中的呈现,二是 BioSystems 内容的查看器。这意味着原先通过 Entrez 系统呈现 BioSystems 记录的方式以及相应的内容查看器均属于退役安排所涵盖的内容。与此同时,NCBI 将代谢通路及其他生物系统数据的提供渠道转向 PubChem Pathways 资源,该资源被描述为定期更新,并具有新颖、扩展和更现代的界面。上述背景构成了理解该数据集当前状态的基本前提。

【数据内容】

该数据集的内容围绕 BioSystems 记录展开。源站描述提及 BioSystems 记录在 NCBI Entrez 系统中的呈现,以及 BioSystems 内容的查看器,说明 BioSystems 记录及其内容查看构成该资源的核心组成部分。此外,源站描述还提及代谢通路及其他生物系统数据,这些数据现由 PubChem Pathways 资源提供。关于 BioSystems 记录的具体字段构成、记录数量、覆盖物种范围、通路条目明细等内容层面的细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的信息来源站为 web.archive.org,即通过存档页面获取相关描述。源站描述本身说明了 NCBI 对 BioSystems 相关呈现方式与查看器的退役安排,以及转向 PubChem Pathways 资源提供代谢通路和其他生物系统数据的现状。关于原始数据的采集方法、更新频率、数据提交与审核流程等,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集及其相关记录可用于了解 NCBI BioSystems 记录的呈现方式与内容查看方式,以及理解该资源退役后代谢通路和其他生物系统数据转向 PubChem Pathways 资源提供的背景。本站将其归入“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”分类,提示其在该分类语境下具有参考意义。关于具体的科研分析、临床决策或教学应用场景,源站未提供。

【使用方法】

源站描述指出,BioSystems 记录原先在 NCBI Entrez 系统中呈现,并配有 BioSystems 内容的查看器;此次退役涵盖这两部分。NCBI 目前通过定期更新的 PubChem Pathways 资源提供代谢通路及其他生物系统数据,该资源具有新颖、扩展且更现代的界面。因此,获取相关数据的途径指向 PubChem Pathways 资源。关于具体的访问步骤、接口调用方式、查询语法或数据下载格式等操作细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集当前处于相关呈现方式与查看器已退役的状态,这是使用该资源时需要重点考虑的限制。源站描述将 PubChem Pathways 资源描述为定期更新、新颖、扩展且更现代,这构成对替代资源特性的说明。关于 BioSystems 记录本身的准确性、完整性、一致性、更新时效以及存档页面的完整性等质量指标,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://web.archive.org/web/20220403144802/https:/www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

<< >>!!!>>> 此次退役包括BioSystems记录在NCBI Entrez系统中的展示以及BioSystems内容的查看器。NCBI现在通过定期更新的PubChem Pathways资源(https://pubchemdocs.ncbi.nlm.nih.gov/pathways)提供代谢途径和其他生物系统数据,该资源提供了一个新颖、扩展且更现代的界面。

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