猪卵巢颗粒细胞E4F1和MPC1敲低后的靶向代谢组分析
本研究旨在利用靶向代谢组分析探究E4F1和MPC1在调控猪卵巢颗粒细胞代谢稳态中的作用。猪原代卵巢颗粒细胞分为三个实验组：阴性对照（si-NC）、E4F1敲低（si-E4F1）和MPC1敲低（si-MPC1）
基本信息
资源简介
猪卵巢颗粒细胞E4F1和MPC1敲低后的靶向代谢组分析
MTBLS16093 数据集围绕猪卵巢颗粒细胞在 E4F1 与 MPC1 基因敲低后的靶向代谢组变化展开，属于内分泌、营养和代谢疾病领域的代谢组学研究资源。该研究以猪原代卵巢颗粒细胞为对象，设置阴性对照（si-NC）、E4F1 敲低（si-E4F1）和 MPC1 敲低（si-MPC1）三个实验组，采用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行靶向代谢组分析，重点关注糖酵解、磷酸戊糖途径和三羧酸循环相关代谢物。数据集旨在刻画基因沉默后颗粒细胞的代谢改变，为理解 E4F1 和 MPC1 在调节线粒体能量代谢与代谢稳态中的潜在作用提供数据支持，可供代谢组学、生殖内分泌及细胞能量代谢相关研究参考使用。
【数据集背景】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，英文名称为“MTBLS16093: Targeted Metabolomic Profiling of Porcine Ovarian Granulosa Cells Following E4F1 and MPC1 Knockdown”。研究背景聚焦于猪卵巢颗粒细胞的代谢稳态调控，核心问题是 E4F1 与 MPC1 两个基因在维持颗粒细胞代谢平衡中扮演何种角色。为回答这一问题，研究采用基因敲低策略，在体外培养的猪原代卵巢颗粒细胞中分别沉默 E4F1 和 MPC1，并通过靶向代谢组学手段捕捉由此产生的代谢扰动。该数据集所属分类为内分泌、营养和代谢疾病 / 其他，说明其关注点与代谢调控及内分泌相关生理过程存在关联。
【数据内容】
数据集的核心内容是三组猪卵巢颗粒细胞样本的靶向代谢组谱：阴性对照（si-NC）、E4F1 敲低（si-E4F1）和 MPC1 敲低（si-MPC1）。分析采用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）平台，靶向检测与糖酵解、磷酸戊糖途径和三羧酸循环相关的代谢物，用以表征基因沉默后的代谢改变。数据集提供的洞察包括 E4F1 和 MPC1 缺失相关的代谢变化，以及二者在调节线粒体能量代谢和颗粒细胞代谢稳态中的潜在作用。除上述三组设计及所关注的代谢通路外，源站未提供具体的代谢物数量、样本量、定量指标或统计结果等细节。
【采集与来源】
样本为猪原代卵巢颗粒细胞，实验分为阴性对照、E4F1 敲低和 MPC1 敲低三组。检测方法为液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）靶向代谢组分析。数据来源站为 ebi.ac.uk。关于样本采集的具体地点、时间、动物来源、伦理审批信息及仪器型号等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：一是猪卵巢颗粒细胞代谢稳态与基因调控研究，特别是 E4F1 和 MPC1 功能缺失对细胞代谢的影响；二是糖酵解、磷酸戊糖途径和三羧酸循环相关代谢通路的靶向代谢组分析；三是线粒体能量代谢调控机制的探索；四是代谢组学方法在生殖内分泌细胞模型中的应用参考。由于数据聚焦于猪源颗粒细胞，其结论外推到其他物种或细胞类型时需谨慎。
【使用方法】
使用时可依据三组实验设计（si-NC、si-E4F1、si-MPC1）进行组间比较，重点关注糖酵解、磷酸戊糖途径和三羧酸循环相关代谢物的变化模式，以识别与 E4F1 或 MPC1 敲低相关的代谢扰动。分析时应以阴性对照为参照，分别评估两个敲低组的代谢差异，并结合通路背景解释结果。具体的数据文件格式、预处理流程、归一化方法和统计工具等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集采用 LC-MS/MS 靶向代谢组分析，针对特定通路代谢物，具有明确的生物学问题导向。但源站未提供样本量、重复数、质控样本设置、代谢物鉴定置信度、定量精密度或缺失值处理等质量相关信息，也未提供数据验证或独立队列复现信息。因此，使用者在解释结果时应注意靶向方法覆盖范围限于所关注的代谢通路，结论不宜过度推广至全代谢组或其他细胞类型。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式与许可条款信息。使用前建议访问 ebi.ac.uk 对应条目核实引用要求与使用许可。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/metabolights/MTBLS16093
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究旨在利用靶向代谢组学分析探究E4F1和MPC1在调控猪卵巢颗粒细胞代谢稳态中的作用。将原代猪卵巢颗粒细胞分为三个实验组：阴性对照（si-NC）、E4F1敲低（si-E4F1）和MPC1敲低（si-MPC1）。采用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行靶向代谢组学分析，以表征基因沉默后的代谢改变。分析聚焦于参与糖酵解、磷酸戊糖途径和三羧酸循环的代谢物。该数据集为理解与E4F1和MPC1缺失相关的代谢变化及其在调控猪卵巢颗粒细胞线粒体能量代谢和代谢稳态中的潜在作用提供了见解。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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