金黄色葡萄球菌骨髓炎的成像质谱原位脂质组学

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A26a8343d8724e088b229279732eb1c7b3e83281cbed194f859f1d34c1b9366a3

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨髓炎发生于金黄色葡萄球菌侵入骨微环境时，导致骨髓脓肿形成，其具有空间限定的细胞和生物分子结构。成像质谱和显微镜检查是极为重要的工具，可用于探究金黄色葡萄球菌感染的小鼠股骨的脂质组，以揭示感染的代谢和信号传导后果。在此，近250种脂质被空间映射到整个股骨的健康和感染相关形态特征上，建立了组织类型的组成轮廓。醚脂和花生四烯酰脂在脓肿内的细胞和组织结构之间显著变化，表明它们在脓肿形成和炎症信号传导中的作用。甾醇、甘油三酯、双(单酰甘油)磷酸和神经节苷脂在整个脓肿中具有环状分布，提示一群细胞中脂质代谢的假设性失调，这些细胞无法用… discerned，所有MALDI IMS数据均使用timsTOF fleX（Bruker Daltonics，不来梅，德国）获取。88 所有成像实验均在qTOF模式下操作，除非另有说明，否则TIMS停用。

为获取主数据集，采用了俯仰偏移策略。将SmartBeam 3D 10 kHz三倍频Nd：YAG激光器（355 nm）聚焦并激活光束扫描，以产生10 μm x 10 μm的烧蚀图案。调整载物台的z位置以保持激光聚焦，并补偿样品架和Cryofilm的额外高度。首先以20 μm的载物台俯仰采集正离子数据。随后在flexImaging（Bruker Daltonics）中将载物台坐标在每个x-y维度上偏移10 μm，并以相同的20 μm载物台俯仰采集负离子数据。该策略从相同像素区域获得两种极性的有效空间分辨率为20 μm。对于高空间分辨率（10 μm）实验，仍实施光束扫描，但载物台俯仰设置为

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。