HIF-1α整合肠道炎症中RORγt⁺调节性T细胞的代谢与免疫调节程序

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.22048288

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含与“HIF-1α整合肠道炎症期间RORγt⁺调节性T细胞中的代谢和免疫调节程序”研究相关的单细胞RNA测序（scRNA-seq）对象。这些对象源自公开可用的回肠CD4⁺ T细胞scRNA-seq数据集GSE209832，包含健康供体和克罗恩病患者的样本。提供这些对象是为了促进研究中报道的计算分析的可重复性和重用。文件seurat_list.rdsR对象包含一个由11个Seurat对象组成的列表，这些对象直接由GSE209832可用的10x Genomics filtered_feature_bc_matrix.h5文件生成。每个样本均使用Read10X_h5()导入，并使用CreateSeuratObject()转换为Seurat对象，参数为min.cells = 3和min.features = 200。样本标识符和疾病组注释（Healthy或CD）已添加到对象元数据中。未对该对象应用额外的质量控制过滤、归一化、降维、整合、聚类或下游处理。

monocle2_cds_ordered.rdsMonocle 2 CellDataSet，包含用于研究中拟时序轨迹分析的有序细胞。该对象可用于重现和进一步探索手稿中报道的拟时序分析。原始测序数据可通过 NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) 公开获取，登录号为 GSE209832。分析脚本、函数、工作流程文档和图表生成代码可在相关 GitHub 仓库中获取：oh-denny/HIF1A-RORgt-Crohns。这些文件作为计算仓库的配套数据提供，旨在促进可重复性，而不重新分发原始测序数据。CellOracle 输入文件该数据集还包括为 CellOracle 基因调控网络和计算机扰动分析生成的文件。这些文件提供了表达矩阵、细胞和基因标识

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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