slr-2 线虫 C2H2 锌指转录组表达谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE9246

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们的slr-2数据集显示，先前在一项基因表达系列分析(SAGE)肠道文库中鉴定出的基因存在强烈的过度表达(p << 0.01)；两个数据集共有812个基因。与肠道基因的失调一致，我们观察到几个重要代谢途径受到抑制，包括TOR和胰岛素信号网络，这表明slr-2(ku297)突变体经历了代谢应激。我们还比较了slr-2和lin-35单突变体中差异调控的基因。再次，我们看到了统计学上显著的重叠(p值 < 0.01)；两个数据集共有261个基因。引人注目的是，两个数据集共有的基因中超过75%显示相同方向的表达变化，尽管共同数据集包含大约相等的上调和下调基因混合。此外，lin-35和slr-2数据集共有的超过五十个基因已知具有肠道相关功能。

这些常见的肠道基因中有些在肠道SAGE文库中未出现，可能是由于所检测动物的发育阶段不同（成虫与L1期）以及实验方法的不同（SAGE与微阵列）。关键词：分期突变虫的分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。