母体孕期体重增长不足胎盘转录调控基因启动子表观遗传改变数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE62733

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胎儿环境与日后健康相关的概念被定义为健康与疾病的发育起源(DOHaD)，其中表观遗传修饰被认为是子宫内环境暴露的记忆。尽管许多动物研究已证明孕期母体营养状况与子代表观遗传改变之间存在直接关联，但来自人类研究的此类证据一直非常有限。为了更深入地了解子宫内环境对人类胎盘表观基因组的影响，我们获取了34个产后胎盘的基因组范围甲基化图谱，这些胎盘来自正常妊娠和胎儿生长受限病例，且母体孕期增重(GWG)程度各异。尽管我们最初未能识别出在按GWG程度和婴儿出生体重分类的每个亚组中所有受试者甲基化普遍改变的特定位点，但将Smirnov-Grubbs异常值检验应用于同一数据集后，发现在不良子宫内环境下，胎盘中表观遗传改变出现累积。

该方法可能适用于多种人类群体的表观基因组研究。对DNA甲基化改变位点的基因组和功能特征的进一步注释表明，环境诱导的高甲基化显著频繁地发生在转录调节基因的启动子区域，包括多梳靶基因和锌指基因。如果此类发育调节位点的异常表观遗传修饰以本研究检查的胎盘中所观察到的类似方式发生在胎儿中，将会增加晚年发生包括代谢和精神障碍在内的多种疾病的风险。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。