肢端肥大症患者脂肪组织的基因表达特征
该数据集来自 NCBI GEO，标题为肢端肥大症患者脂肪组织的基因表达特征，包含 1 个文件 GSE57803_series_matrix.txt.gz，采用高通量测序进行表达谱分析，物种为人类（9606），平台为 GPL11154
基本信息
资源简介
肢端肥大症患者脂肪组织的基因表达特征
GSE57803 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集，标题为“肢端肥大症患者脂肪组织的基因表达特征”。该数据集聚焦于肢端肥大症这一罕见内分泌疾病在脂肪组织中的转录变化，采用高通量测序进行表达谱分析，物种为人类（9606），平台为 GPL11154。数据集共包含 1 个文件，即 GSE57803_series_matrix.txt.gz，以 GZIP 压缩格式提供。该数据集所属分类为内分泌、营养和代谢疾病 / 其他，作者为 Quynh T. Tran，发布时间为 May 19 201。整体而言，该数据集为研究生长激素过多对脂肪组织基因表达的影响提供了可用的转录组数据资源。
【数据集背景】
肢端肥大症是一种罕见的内分泌疾病，其特征是生长激素（GH）产生过多。该疾病对代谢具有重要影响，涉及胰岛素抵抗和脂肪分解等方面。该研究的目标是探索由 GH 在脂肪组织中诱导的转录变化。通过分析肢端肥大症患者脂肪组织的基因表达特征，研究者可以更深入地理解 GH 过多状态下脂肪组织的分子层面改变，为相关代谢异常的机制研究提供线索。
【数据内容】
该数据集包含 1 个文件，文件名为 GSE57803_series_matrix.txt.gz，格式为 GZIP 压缩包。数据内容为基因表达谱，采用高通量测序技术进行表达 profiling。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL11154 和 9606，分别对应高通量测序表达谱分析、平台编号和人类物种。数据集以系列矩阵文件的形式组织，通常包含样本层面的表达信息及相关注释字段。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题为“Gene Expression Signature in Adipose Tissue of Acromegaly Patients”。作者为 Quynh T. Tran，发布时间为 May 19 201。数据集所属分类为内分泌、营养和代谢疾病 / 其他。关于具体的样本采集方法、实验设计细节和测序流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究肢端肥大症患者脂肪组织中的基因表达变化，特别是与生长激素过多相关的转录调控和代谢影响。可用于探索胰岛素抵抗、脂肪分解等代谢过程的分子机制，也可作为内分泌和代谢疾病相关转录组分析的参考数据。此外，该数据可用于高通量测序表达谱的二次分析和方法验证。
【使用方法】
使用该数据集时，首先下载数据文件 GSE57803_series_matrix.txt.gz。由于文件为 GZIP 压缩包，需按相应格式进行解压和读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据结构和注释信息无误后，再进行批量接入和分析。分析时可结合平台 GPL11154 的注释信息对表达数据进行解读。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，样本量和具体实验条件等信息源站未提供。数据质量评估、批次效应、归一化处理等细节源站未提供。使用时应注意数据来源和平台注释的匹配性，并在分析前进行必要的字段核对。由于缺乏详细的样本元数据，可能限制某些深入分析。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Quynh T. Tran，来源站为 NCBI GEO。关于引用方式和许可信息，源站未提供。使用时应遵循 NCBI GEO 的相关使用条款，并建议引用原始数据集和对应研究。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE57803
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：肢端肥大症是一种罕见的内分泌疾病，表现为生长激素（GH）分泌过多。该疾病对胰岛素抵抗和脂肪分解具有重要的代谢影响。本研究旨在探讨GH在脂肪组织中诱导的转录变化。方法：对患者进行临床和代谢特征分析，包括HOMA-IR评估。对脂肪组织外植体进行离体脂肪分解和神经酰胺水平检测。采用RNA测序（RNA-seq）分析脂肪组织。结果：基于空腹血糖、胰岛素和HOMA-IR评分的升高，存在胰岛素敏感性降低的证据。我们观察到若干既往报道的转录变化（IGF1、IGFBP3）以及若干新的转录变化，其中一些可能对GH信号调控（PTPN3和PTPN4）以及GH对生长和增殖的影响具有重要意义。若干转录本可能在GH诱导的代谢变化中具有潜在重要作用。
具体而言，LPL、ABHD5和ACVR1C的诱导可能促进脂肪分解增强，并可能解释肢端肥大症患者脂肪组织脂肪分解的提示性增强，这反映在两组患者外植体的甘油释放上（p=0.09）。SCD和TCF7L2的较高表达可能促进胰岛素抵抗。HSD11B1表达降低而GR表达增加，预示肢端肥大症中糖皮质激素活性发生改变。结论：我们在人类脂肪组织中识别出肢端肥大症基因表达特征。特定转录物表达改变的意义将增进我们对肢端肥大症相关代谢和增殖变化的理解。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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