变形链球菌在含0.5%蔗糖半合成培养基中的表达数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE5451

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

自诱导物-2（AI-2）类信号分子代表了一种新型的细胞间通讯方式，因为它们由许多系统发育类群的细菌产生，是luxS酶所催化代谢转化的副产物。为了将luxS酶的代谢功能与AI-2的信号作用区分开来，我们对变形链球菌UA159（一种重要的致龋细菌，也是牙菌斑生物膜群落的关键组成部分）的luxS缺失突变体进行了全局转录组分析。数据显示，基因表达发生了根本性变化，影响585个基因（约占基因组的30%），这些变化无法通过化学合成的DPD（AI-2的前体）恢复，因此与luxS酶在活化甲基循环中的代谢功能相关。所有功能类别的酶均受到影响，包括已知在变形链球菌中具有多效性作用的基因，这与luxS缺陷菌株生物膜形成受损相一致，且该缺陷无法通过添加AI-2恢复。同时，发现59个基因的转录对AI-2的添加有明显响应。

其中一些与蛋白质合成、应激和细胞分裂相关，因此可能受AI-2的间接调控。然而，研究鉴定出三个密度依赖性转录调控因子受AI-2直接调控，因为加入AI-2后其转录被反复刺激。此外，加入AI-2后，膜转运系统的三个特定组分表达上调，提示它们可能参与AI-2的摄取。最后，一个全局调控蛋白——RNA聚合酶的δ亚基（rpoE）被AI-2诱导表达147倍，这是我们的分析中观察到的最大差异基因表达。这些数据首次揭示了AI-2在革兰氏阳性细菌细胞水平上的信号传导作用。关键词：时间进程

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。