永生化小鼠肾上腺皮质细胞系ATCL7中Wnt/beta-catenin信号通路研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE53971

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了研究永生化小鼠肾上腺皮质细胞中受Wnt/β-catenin信号调控的基因，我们用一对ATCL7细胞培养物进行处理，其中一份用BIO（一种模拟Wnt/β-catenin信号的小分子）处理，另一份作为对照处理。我们额外重复了3次，共获得4对样本。Wnt/β-catenin通路在ATCL7细胞中并非基础活跃状态，这些细胞似乎也不含有Wnt/β-catenin通路的任何突变。ATCL7细胞在标准条件下于37°C、含5% CO2的加湿培养箱中培养。每份样本取250，000个ATCL7细胞，在含100U/mL青霉素/链霉素、1X胰岛素-转铁蛋白-硒-X、0.025%胎牛血清和0.025%马血清的DMEM:F12生长培养基中，用0.5μM BIO（6-溴靛玉红-3’-肟）或0.01%（v/v）DMSO处理24小时。收集细胞并使用RNeasy Plus Mini Kit（Qiagen）提取RNA。按照Ambion WT试剂盒方案，从250 ng总RNA制备生物素化cDNA（GeneAtlas™ WT Expression Kit用户手册 P/N 702935 Rev. 3）。我们使用Affymetrix Mouse Gene ST 1.1 strip arrays检测目标基因。

我们针对每个探针集采用配对T检验对数据进行了建模。我们还提供了一个补充文件，其中包含数据、部分统计分析以及当时使用的探针集注释（尽管用户可能希望获取新的注释）。根据Affymetrix注释，我们仅分析了类别为“main”、“—”和“flmrna->unmapped”的28944个探针集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。