脓毒症血液与尿液靶向转录组比较分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE345856

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脓毒症是一种危及生命的综合征，由宿主对感染反应失调所致，其特征是显著的临床和生物学异质性。尽管临床评估和常规实验室生物标志物取得了进展，但早期诊断、分子分层和病程预测仍然具有挑战性。宿主反应的转录组学分析为识别与脓毒症、器官功能障碍、疾病严重程度及生物学上不同的患者亚组相关的协同基因表达特征提供了机会。本研究的主要目标是通过比较分析成人脓毒症患者和健康对照者外周血和尿液中的基因表达，来表征宿主对脓毒症的转录组学反应。该研究旨在识别与脓毒症相关的差异表达基因和分子通路，评估具有潜在诊断和预后价值的转录组学特征，并探究先前描述的脓毒症转录组内型及相关的宿主反应异质性模式。

另一个目标是比较从血液和尿液中获得的转录组信息。血液作为主要的全身性宿主反应区室进行研究，而尿液则作为补充性的、微创的生物样本纳入，可能反映与脓毒症及脓毒症相关器官功能障碍相关的肾脏、炎症、代谢、上皮和应激相关反应。基因表达谱使用Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Panel生成，该面板靶向超过20,000个人类RefSeq基因，包括蛋白质编码和非编码转录本。对转录组数据进行了差异基因表达、生物学通路富集、分子内型分类以及与现有临床和实验室特征关系的评估。该研究还旨在检查以下各项之间的关联：

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。