在多种人类细胞系中生成JMJD6敲除模型

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE341193

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：JMJD6是一种赖氨酸羟化酶，属于含Jumonji C结构域的小型JMJD蛋白家族。JMJD6的活性影响多种生物学功能。尽管多项小鼠JMJD6敲除(KO)研究观察到了不同的表型，但JMJD6在发育过程中是必需的。为了进一步表征JMJD6的生物学作用，我们在此采用系统性CRISPR方法，在造血细胞系(THP-1、NOMO-1、K562)和贴壁细胞系(HEK)中生成了一系列KO模型。结果：对JMJD6 KO细胞系的转录组分析显示变化出乎意料地微小，提示当细胞维持在稳态时，这一表观遗传调控因子并非必需。然而，将野生型(WT)和JMJD6 KO HeLa细胞在生理应激(缺氧)条件下培养后发现，JMJD6对转录组的影响要广泛得多。虽然核心缺氧反应不依赖于JMJD6，且主要与代谢适应相关，但我们的结果提示，JMJD6对于缺氧诱导的炎症及细胞外基质(ECM)重塑通路的激活是必需的。

结论：这些发现揭示了JMJD6在缺氧应激非经典反应中先前未知的重要作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。