胰岛素瘤组织基因表达谱数据集
该数据集收录了手术切除的人胰岛素瘤组织的基因表达谱,采用 Agilent 单色基因表达微阵列平台进行分析。该数据可用于研究胰岛素瘤的转录组特征,支持差异表达分析、分子分型及内分泌代谢疾病相关机制探索(来源 NCBI)

基本信息
资源简介
胰岛素瘤组织基因表达谱数据集
GSE334499 是一个聚焦于胰岛素瘤组织基因表达特征的数据集,收录了手术切除的人胰岛素瘤样本的转录组表达谱信息。该数据集采用 Agilent 单色基因表达微阵列平台完成检测,整体以一份压缩的表达矩阵文件对外提供。作为内分泌、营养和代谢疾病领域的一项表达谱资源,它可用于观察胰岛素瘤在转录层面的整体表现,为差异表达分析、分子分型以及相关内分泌代谢机制研究提供数据基础。数据集由 Kenji Sugawara 提交,来源站点为 NCBI,发布时间标注为 Jun 05 202,主题标签涵盖 Expression profiling by array、GPL21185 与 9606,分别指向微阵列表达谱研究、所用平台编号以及人类物种信息。
【数据集背景】
胰岛素瘤属于内分泌相关肿瘤,其发生发展往往伴随基因表达层面的改变。对该类组织进行表达谱检测,有助于从转录组角度理解其分子特征。本数据集正是围绕手术切除的人胰岛素瘤组织展开,利用 Agilent 单色基因表达微阵列平台获取表达数据,定位于内分泌、营养和代谢疾病方向下的表达谱研究。源站标题直接点明其主题为胰岛素瘤组织的基因表达谱分析,主题标签中的 Expression profiling by array 也说明其研究类型属于微阵列表达谱检测,GPL21185 对应所使用的平台信息,9606 则对应人类样本来源。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE334499_series_matrix.txt.gz,即以 GZIP 压缩形式提供的系列矩阵文件。该文件承载了手术切除的人胰岛素瘤组织的基因表达谱数据,是访问和使用该数据集的核心内容。源站描述指出,这些表达谱来自 Agilent 单色基因表达微阵列平台的分析结果。除该矩阵文件外,未提供其他文件形态或附加数据表。
【采集与来源】
样本来源为手术切除的人胰岛素瘤组织,检测手段为 Agilent 单色基因表达微阵列平台。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Kenji Sugawara,发布时间为 Jun 05 202。数据集英文名称为 GSE334499: Gene expression profiling of insulinoma tissues,源站标题与英文名称一致。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批及患者临床信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于研究胰岛素瘤的转录组特征,支持差异表达分析、分子分型及内分泌代谢疾病相关机制探索。借助微阵列表达谱,研究者可以比较不同样本间的表达差异,识别可能的分子标志或分型依据,并围绕内分泌代谢相关通路展开探索。其主题标签表明该资源适用于基于微阵列的表达谱研究场景,物种信息指向人类,因而适合以人胰岛素瘤为对象的相关分析。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE334499_series_matrix.txt.gz,按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码差异导致的分析偏差。该文件为系列矩阵形式,适合作为表达谱分析的基础输入。关于更具体的分析流程、标准化参数或配套注释文件,源站未提供。
【质量与限制】
数据集仅包含 1 个文件,规模与样本构成信息有限。发布时间标注为 Jun 05 202,年份信息不完整。关于样本数量、分组设计、平台探针注释、数据标准化方法及质控指标,源站未提供。由于仅提供系列矩阵文件,缺少原始数据或其他辅助文件,使用者在开展深入分析时可能受到一定限制。此外,该数据集仅涉及人胰岛素瘤组织,结论外推到其他肿瘤或疾病类型时需谨慎。
【引用与许可】
作者为 Kenji Sugawara,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为 GSE334499: Gene expression profiling of insulinoma tissues。关于引用格式、许可条款及使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE334499
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
This dataset contains gene expression profiles of surgically resected human insulinoma tissues analyzed using an Agilent one-color gene expression microarray platform.
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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