GSD1a与健康对照成纤维细胞的Epic甲基化分析
研究比较两组样本的基因组甲基化模式,通过回归分析评估组内变异,发现GSD1a组成纤维细胞甲基化表型较健康对照更一致,K-means无监督聚类和PCA也观察到类似差异,并进行了差异甲基化分析

基本信息
资源简介
GSD1a与健康对照成纤维细胞的Epic甲基化分析
Epic Methylation analysis on Glycogen Storage Disorder type 1a and Healthy Controls fibroblasts
该数据集来自NCBI GEO,包含GSD1a与健康对照成纤维细胞的Illumina EPIC V2甲基化芯片数据,共1个文件(GSE330325_series_matrix.txt.gz)。研究比较两组样本的基因组甲基化模式,通过回归分析评估组内变异,发现GSD1a组成纤维细胞甲基化表型较健康对照更一致,K-means无监督聚类和PCA也观察到类似差异,并进行了差异甲基化分析。数据可用于探索GSD1a相关的甲基化特征及样本分类(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:May 08 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):使用Illumina EPIC V2芯片分析GSD1a与HC样本之间基因组甲基化模式的差异,如“Disease-associated programming of cell memory in glycogen storage disorder type 1a”手稿所示。为了评估两组样本之间的整体差异,我们使用了处理探针的全数据集,并初步进行了回归分析,旨在评估所测试的HC和GSD1a组各自的组内变异性。该分析结果显示GSD1a组的变异性较低,这意味着与HC样本相比,GSD1a成纤维细胞呈现出在组内样本间一致的甲基化表型。这些差异也通过我们基于K-means在我们的8个测试样本中搜索两个簇所进行的无监督聚类分析以及PCA观察到。差异甲基化
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL33022、9606。本站分类:内分泌、营养和代谢疾病。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE330325
【使用注意】
· 源站最后修改于 May 12 202,引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
一项使用Illumina EPIC V2芯片分析GSD1a与HC样本之间基因组甲基化模式差异的研究,如“糖原贮积病1a型中疾病相关细胞记忆编程”手稿所示。为了评估两组样本之间的整体差异,我们使用了处理后的探针全数据集,并初步进行了回归分析,旨在评估所测试的HC和GSD1a各组内的变异性。该分析结果显示,GSD1a组的变异性较低,这意味着与HC样本相比,GSD1a成纤维细胞呈现出一种在组内样本间一致的甲基化表型。我们还通过基于K-means的无监督聚类分析(在我们的8个测试样本中寻找两个聚类)以及PCA观察到了这些差异。随后进行了比较GSD1a与HC细胞的差异甲基化分析。结果发现,两组之间存在数千个显著不同的探针信号。
基于基因组中相似区域甲基化探针分布的差异甲基化区域分析,在组间获得了许多差异甲基化区域(DMR)。利用甲基化数据集和GO数据库对GSD1a细胞与HC细胞进行GSEA比较,揭示了与溶酶体和代谢途径相关的显著富集通路。此外,与表观遗传修饰相关的通路在GSD1a和HC细胞之间也存在差异富集。该实验与ATAC-seq和RNA-seq数据的整合展示在稿件中。
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