小鼠小肠类器官自组织单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE329635

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小鼠小肠上皮由多种细胞类型组成，这些细胞通过相互作用调控信号传导、细胞模式形成以及组织的形态与功能。小肠类器官从单细胞（0小时）自组织形成出芽的隐窝-绒毛结构（96–108小时），再现了这种多细胞肠道形态发生的多个方面。为表征类器官自组织过程中的细胞状态和谱系轨迹，我们在高分辨率时间进程中对肠道类器官进行了单细胞RNA测序。将来源于小鼠十二指肠上皮的类器官解离为单细胞并接种以启动类器官形成，随后从24至108小时以12小时间隔取样进行测序。该数据集捕获了类器官发育过程中细胞状态组成的动态变化。早期时间点（24–36小时）揭示了一群以成熟谱系标志物丢失为特征的重编程细胞，随后主要肠道谱系（包括吸收性、分泌性和干细胞群体）出现并分化。

48小时时出现一个分泌型祖细胞群体，该群体可分化为外分泌谱系（潘氏细胞和杯状细胞）和内分泌谱系（肠内分泌祖细胞及分化的肠内分泌细胞类型）。吸收细胞谱系和干细胞谱系在48–72小时出现后继续分化和成熟。总体而言，该数据集为研究肠道类器官自组织过程中的细胞状态转变和谱系特化提供了全面资源，并再现了体内观察到的上皮分化的关键特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。