线粒体伴侣蛋白HSPD1独立于其共伴侣HSPE1折叠MTHFD2 [A549 HSPD1 KD]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE314357

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

获取新的细胞状态需要代谢重编程，而代谢重编程是由细胞质和线粒体中代谢酶表达量的调整所驱动的。大多数线粒体蛋白在细胞质中合成，以线性形式被导入线粒体，随后由线粒体伴侣蛋白和共伴侣蛋白网络进行折叠。哪种线粒体蛋白依赖哪种伴侣蛋白进行折叠，目前很大程度上仍不清楚。HSPD1/HSPE1（HSP60/HSP10）是细菌蛋白GroEL/GroES在进化上保守的哺乳动物同源物，形成一个腔室和盖子的伴侣蛋白复合体，以促进其客户蛋白的折叠。我们使用基因敲低和基于SILAC的蛋白质组学来鉴定HSPD1的客户蛋白。我们发现HSPD1在体内支持MTHFD2的表达，MTHFD2是一种关键的线粒体一碳（1C）酶，并在体外折叠MTHFD2，且不依赖于其共伴侣蛋白HSPE1。HSPD1在线粒体中与MTHFD2相互作用，而在HSPD1敲低细胞中MTHFD2被LONP降解。因此，我们发现在HSPD1敲低细胞中核苷酸和SAM水平降低，并且发现对HSPD1与HSPE1耗竭的转录或代谢反应几乎没有重叠。

我们的数据支持这样一种观点：特定的伴侣蛋白在 mitochondria 中服务于特定蛋白质的折叠，并且 HSPD1 和 HSPE1 具有不同的生物学功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。