MGMT与cGAS/STING通路交叉调控巨噬细胞天然免疫应答

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE309787

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转录组分析表明，用STING激动剂DMXAA刺激骨髓来源巨噬细胞（BMMs）可诱导大量差异表达基因（DEGs）。对DMXAA处理的MGMT敲除（KO）与野生型（WT）BMMs进行比较分析，共鉴定出202个DEGs，其中75个为显著上调基因，127个为显著下调基因。为阐明这些转录改变所涉及的生物学过程，对全转录组数据集进行了京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。该分析揭示了与细胞代谢活动相关的通路富集。值得注意的是，在DMXAA刺激的MGMT KO BMMs中，戊糖和葡萄糖醛酸相互转化是最显著正富集的通路，而亚油酸代谢相对于WT细胞则是最显著负富集的通路。此外，使用Hallmark基因集进行了基因集富集分析（GSEA）。

分析显示，在DMXAA处理的MGMT KO BMMs中，最显著富集的基因特征与IL-6_JAK_STAT3信号传导和缺氧相关，突显了在MGMT缺陷条件下关键炎症和应激反应程序的激活。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。