人肾脏类器官缺氧损伤的空间图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307588

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集涉及一项空间转录组学实验，研究巨噬细胞在暴露于缺氧损伤的人iPSC来源肾脏类器官中潜在修复和炎症作用，与在该模型中缺血性肾损伤和修复的更广泛研究相关（https://doi.org/10.1101/2023.10.04.558359）。急性肾损伤（AKI）是一种常见临床疾病，与高发病率和高死亡率相关。缺血是AKI的主要原因，肾脏血流减少引发缺氧和肾单位上皮细胞死亡，损害必需液体处理和废物清除功能。虽然受损肾小管具有一定恢复能力，但严重损伤可通过适应不良修复过程导致慢性肾脏病（CKD），其特征为上皮再生失败、炎症和代谢失调。免疫细胞在体内关键性影响肾脏损伤反应，组织驻留巨噬细胞驱动修复或有害炎症、纤维化和向CKD进展。

为补充先前的批量RNA测序分析，并探究巨噬细胞在急性肾损伤及组织微环境不良修复中的作用，我们将诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞整合入肾脏类器官中，并利用空间转录组学技术研究了它们对缺氧损伤的响应及对周围组织的影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。