小鼠胚胎干细胞中DNMT3A特异性活性的化学足迹图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297788

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

DNA中胞嘧啶酶促甲基化为5-甲基胞嘧啶是一种重要的表观遗传机制，调控着哺乳动物的发育与疾病。DNA甲基化源于三种依赖AdoMet的DNA甲基转移酶（DNMTs）的协同作用，但其催化相互作用和时间动态仍不清楚。在本研究中，我们采用结构引导的DNMT3A甲基转移酶工程化改造，利用合成辅因子类似物Ado-6-azide，在体外促进叠氮标签的催化转移至DNA上。随后，我们利用基于CRISPR的引导编辑技术，将设计好的密码子整合到小鼠胚胎干细胞的DNMT3A基因座中。接着，通过CRISPR编辑细胞以引入MAT2A I117A替换，从而在生理水平的内源性甲硫氨酸存在下，暴露于合成甲硫氨酸类似物S-(6-叠氮己-2-炔-1-基)-l-同型半胱氨酸（N3-Met）时，促进依赖DNMT3A的代谢性DNA修饰，并延长叠氮标签的保留时间。

接下来，将DNMT3A KI细胞分别进行电穿孔处理，导入合成的辅因子类似物Ado-6-azide，或在暴露于N3-Met后进行代谢标记，之后通过Dnmt-TOP-seq评估DNMT3A特有的基因组靶点。综上所述，本研究为在多种生物学背景下监测活细胞中DNMT3A特异性活性开辟了道路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。