GSE293353：整合元程序分析揭示多囊卵巢综合征颗粒细胞氧化应激反应的转录失调

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293353

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数据说明

目的：采用整合性元程序分析框架，探究多囊卵巢综合征（PCOS）发病机制的分子机制，并通过单细胞与批量RNA测序相结合的方法，特别关注氧化应激相关通路。方法：整合了三个数据集：单细胞RNA测序数据集（GSE240688）、实验室生成的批量RNA测序数据集，以及验证性微阵列数据集（GSE34526）。通过非负矩阵分解识别颗粒细胞中的转录程序，同时通过差异表达和加权基因共表达网络分析表征失调基因。采用整合性多组学方法，在这些互补分析方法的交集处识别关键调控基因。结果：识别出颗粒细胞中十种不同的转录元程序，其中元程序4（MP4）在PCOS样本中显著富集，并与氧化应激反应通路相关。通过差异表达分析，在独立患者队列中揭示了199个持续失调的基因。

通过整合分析，谷胱甘肽过氧化物酶3（GPX3）被确定为唯一存在于所有三种分析方法中的基因。GPX3在PCOS样本中显著上调，具有稳健的判别能力（AUC>0.8），并在功能上与胰岛素信号传导、葡萄糖代谢和线粒体通路相关，提示其在连接氧化应激与代谢功能障碍中的作用。结论：通过我们的综合多组学方法，氧化应激反应被揭示为PCOS病理生理学的核心，GPX3被确定为连接代谢与生殖功能障碍的关键调控节点。这些发现为PCOS中氧化应激介导的病理学建立了分子基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。