基于转录组的甲状腺眼病分子分型数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE285190

标准获取流程：

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

甲状腺眼病（TED）是一种眼眶自身免疫性疾病，严重影响视力、外观和生活质量。TED是Graves病最常见的甲状腺外表现，后者主要以甲状腺功能亢进为特征。目前对TED严重程度和活动度的评估不能有效指导治疗方案，尤其是靶向药物的选择。收集了161例TED患者和20例无眼病的Graves甲状腺功能亢进（GH）患者的外周血样本进行转录组测序，并系统整理了相应的临床信息。随后，我们比较推导出TED相较于GH的独特基因表达谱，并在此基础上使用ConsensusClusterPlus对TED患者进行无监督聚类。接下来，针对不同聚类进行了免疫浸润分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、枢纽基因筛选和药物敏感性分析。与GH相比，TED表现出自身抗原、免疫反应、细胞增殖和代谢紊乱的升高。

建立了一种新的TED双聚类分类方案，该方案独立于经典的严重程度和活动度评估。聚类1患者接受了更多的静脉糖皮质激素和手术，但疼痛和过度流泪较少。与聚类2患者相比，聚类1患者的外周血淋巴细胞更高，包括CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、滤泡辅助性T细胞、自然杀伤细胞和B细胞。WGCNA识别出与聚类相关的基因模块，最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归分析得出聚类1的六个枢纽基因（DDR2、LRP1B、NTRK2、PALB2、PTPRD和SLC25A6）以及聚类2的三个枢纽基因（MON2、SNORA74B和STX16）作为潜在生物标志物。考虑到当前的TED治疗方法，聚类1患者可能更适合胰岛素样生长因子1受体（IGF-1R）抗体，而聚类2患者可能更适合糖皮质激素。我们描述了具体的ge

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。