沙眼衣原体胞内生长通过损害去甲基化导致整体组蛋白高甲基化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE265792

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

沙眼衣原体是一种专性细胞内细菌，它劫持宿主细胞的代谢物以维持自身生长。在其发育周期的最后阶段，宿主蛋白质组（包括组蛋白）表现出高度甲基化。我们提供的证据表明，组蛋白高度甲基化源于代谢失衡，这种失衡有利于赖氨酸甲基转移酶的活性超过去甲基化酶。H3K4和H3K9残基上的高度甲基化遍布整个染色质。抑制细菌生长，或向培养基中补充二甲基酮戊二酸（DMKG）或铁，可减少组蛋白高度甲基化。补充DMKG改变了约三分之一感染响应基因对感染的转录反应，包括参与感染先天反应的基因。感染后期转移RNA水平下降，而补充DMKG阻止了这一现象。最后，我们发现在感染急性期后不久，小鼠生殖道中对感染的先天反应出现了强烈的、依赖于组蛋白去甲基化酶的关闭。

总体而言，我们的数据表明，宿主对感染的转录组反应整合了增殖病原体所施加的代谢压力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。