小鼠胚胎干细胞亚细胞mRNA动力学定量（flavopiridol）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE256335

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在这项工作中，我们量化了小鼠胚胎干细胞亚细胞区间之间的mRNA流动速率。结合代谢RNA标记、生化细胞分级分离和RNA测序与数学建模，我们得以确定来自9000多个蛋白编码基因的核内前体、核内成熟、胞质和膜结合mRNA的动力学速率。对于超过5000个基因，我们还估算了转录延伸速率。对于大多数转录本而言，核内成熟mRNA的半衰期最长，表明核滞留是mRNA生命周期中的限速步骤。编码转录因子和即早基因的基因具有快速的动力学速率，特别是较短的核内半衰期。差异定位的mRNA展现出不同的速率常数组合，提示亚细胞区间内存在模块化调控。我们显示，膜定位mRNA的膜稳定性较高，而胞质定位mRNA的胞质稳定性较高。编码靶向信号（如信号肽或跨膜结构域）的基因具有较低的胞质半衰期和较高的膜半衰期，而不同靶向信号之间仅存在细微差异。

核编码的线粒体蛋白显示出较长的核内成熟半衰期，并且在细胞质动力学方面具有其他相似特征，这些特征与共翻译靶向线粒体的过程并不相似。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。