TR4孤儿核受体全基因组结合研究提示其在基础生物过程中的普遍作用

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE24685

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数据说明

孤儿核受体TR4（人睾丸受体4或NR2C2）在多种生物学和代谢过程中发挥关键作用。由于尚无已知配体且已知靶基因甚少，TR4的功能模式尚不明确。我们首次报道了TR4在体内结合的全基因组鉴定与特征分析。利用染色质免疫沉淀结合高通量测序（ChIP-seq），我们在4种不同的人类细胞类型中鉴定了TR4结合位点，并发现大多数靶基因在不同细胞间是共享的。TR4靶基因参与RNA代谢和蛋白质翻译等基本生物学过程。此外，我们发现一部分TR4靶基因发挥细胞类型特异性功能。对TR4结合位点的分析显示，来自任何细胞类型的峰中不到30%含有先前由体外研究得出的DR1基序，提示TR4可能通过与其他蛋白质相互作用而被招募至基因组。对TR4结合位点的生物信息学分析预测了一个涉及TR4和ETS转录因子的顺式调控模块。

为了验证这一预测，我们对ETS因子ELK4进行了ChIP-seq实验，结果发现30%的TR4结合位点同时也被ELK4结合。对这两个因子共同结合的位点进行基序分析，发现缺乏DR1元件，这提示TR4在一部分位点上的结合可能是通过ETS转录因子ELK4促进的。进一步的研究将需要探究这两个因子的功能相互依赖性。关于数据使用条款和条件，请参阅http://www.genome.gov/27528022 和 http://www.genome.gov/Pages/Research/ENCODE/ENCODEDataReleasePolicyFinal2008.pdf。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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