动静脉内瘘早期重塑中异质基因表达提示代谢下调预测适应性静脉重塑

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE244317

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数据说明

背景：尽管动静脉内瘘（AVF）作为血液透析首选血管通路的临床结局尚不理想，但AVF成熟与失败的生物学机制仍知之甚少。由于我们的小鼠AVF模型能够再现人类AVF的成熟及部分失败过程，我们假设高通量RNA测序（RNA-seq）分析可识别可能预测AVF成熟与失败的基因表达早期变化。方法：对C57BL/6小鼠（10周龄）实施主动脉腔静脉瘘建立术（AVF组）或假手术（假手术组）。采用超声确认AVF通畅性并测量血流动力学。于术后第7天采集静脉肢体并提取总RNA。构建Poly-A mRNA文库后进行RNA-seq。识别差异表达基因（DEG），并采用生物信息学技术进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集分析。结果：AVF组与假手术组之间共识别出1057个DEG。AVF组中代谢通路相关基因显著下调。

由于AVF组的基因表达模式具有显著异质性，因此将AVF组分为2组（“正常”AVF组；nAVF和“离群”组；OUT），并进行了亚组分析。尽管nAVF组与OUT组在体重变化和血流动力学的生理数据上无差异，但两组间鉴定出413个差异表达基因（DEG）。富集分析显示，OUT组中代谢、免疫和凝血相关基因显著过表达。将nAVF组与假手术组比较，鉴定出403个DEG。富集分析显示，与细胞周期、细胞外基质和免疫相关的基因表达增加。将这些结果与先前发表的数据进行比较，nAVF组的基因表达模式与AVF成熟和适应性一致

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。