氧化LDL积累通过将转录从HIF-1α转向Nrf2通路抑制糖酵解并减弱巨噬细胞炎症反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE239696

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数据说明

巨噬细胞（Mφs）中的脂质蓄积是动脉粥样硬化的标志性特征，然而脂质蓄积如何通过重塑巨噬细胞代谢来影响炎症反应，目前尚知之甚少。我们在培养的野生型小鼠硫代乙醇酸盐诱导的腹腔巨噬细胞和骨髓来源巨噬细胞中建立了脂质蓄积模型，这些细胞具有Vhl、Hif1a、Nos2和Nfe2l2的条件性（Lys2-Cre）或完全基因缺陷。转染研究使用RAW264.7细胞。巨噬细胞与氧化型LDL（oxLDL）或胆固醇共培养24小时，然后用LPS刺激。转录组学显示，巨噬细胞中oxLDL蓄积下调了炎症、缺氧和胆固醇代谢通路，而上调了抗氧化通路、脂肪酸氧化和ABC家族蛋白。代谢组学和细胞外代谢通量分析表明，oxLDL蓄积抑制了LPS诱导的糖酵解。巨噬细胞内脂质蓄积通过降低HIF-1α稳定性和反式激活能力损害了LPS诱导的炎症；因此，该表型在Vhl-/-巨噬细胞中未被挽救。

巨噬细胞（Mφ）内脂质蓄积还增强了LPS诱导的Nrf2介导的抗氧化防御，而该防御可使HIF-1α不稳定；Nrf2缺陷的Mφ则抵抗了脂质蓄积对糖酵解和炎症基因表达的抑制作用。此外，oxLDL使NADPH消耗从HIF-1α调节的脱辅基酶转向Nrf2调节的脱辅基酶。因此，我们推测，将NADPH消耗从HIF-1α重新分配至Nrf2转录通路，对于调节细胞内脂质蓄积的Mφ的炎症反应至关重要。通过比较转录组分析确立了我们的体外模型的相关性，分析显示，经oxLDL培养并以LPS刺激的Mφ与来源于动脉粥样硬化小鼠和人类主动脉的泡沫化Mφ具有相似的炎症和代谢特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。