骨髓瘤偏好性依赖的CRISPR激活转录谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE186997

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多发性骨髓瘤（MM）是一种无法治愈的浆细胞（PC）肿瘤，其临床进展主要由一些疗法推动，但这些疗法的应用范围仅限于MM/PC肿瘤之外，且并不靶向MM中的特定致癌突变。相反，这些药物靶向的是对PC生物学至关重要、但对大多数其他谱系的恶性或正常细胞基本非必需的途径。我们通过基因组规模CRISPR基因编辑研究，在MM与数百种非MM细胞系之间系统表征了MM的谱系偏好性分子依赖性。这鉴定出一组基因，其破坏对MM细胞适应性的影响比其他恶性肿瘤更显著或更频繁。这些基因——部分已知，部分此前未与MM关联——编码转录因子、染色质修饰因子、内质网组分、代谢调节因子或信号分子。当前数据集描述了在骨髓瘤偏好性依赖基因POU2AF1的CRISPR激活条件下，一株MM细胞系的转录谱分析。

本文还描述了另一个基因（PANK1）的CRISPR激活转录谱，该基因在CRISPR基因编辑研究中并非多发性骨髓瘤（MM）偏好性依赖基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。