原代人成纤维细胞线粒体遗传、代谢与内分泌扰动下的纵向DNA甲基化与RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179849

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

当前的RNA测序和DNA甲基化数据集提供了一个表观基因组图谱，涵盖了来自n=6名健康男女供体和n=3名因SURF1基因突变导致寿命改变线粒体疾病的供体的原代人成纤维细胞系的整个复制寿命。这些数据集可以与寿命期间并行收集的其他指标整合，包括细胞学（细胞大小、形态）、生物能量学（能量消耗、源自Seahorse的ATP合成速率）、分泌蛋白、端粒长度和全基因组测序（WGS）数据。该数据集还包括针对氧化磷酸化（OXPHOS）和糖酵解以及糖皮质激素信号传导的治疗实验操作，为研究压力和生物能量学对人类衰老生物学的影响提供了机会。所有处理过的数据均可在我们的网络工具上访问和浏览：https://columbia-picard.shinyapps.io/shinyapp-Lifespan_Study/

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。