原代人成纤维细胞线粒体遗传、代谢与内分泌扰动纵向RNA测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179848

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

当前的RNA测序数据集（n=345）提供了体外培养的原代人成纤维细胞在整个细胞生命周期中的转录图谱。该数据集通过双端（150bp）Illumina HiSeq测序生成，每个样本的平均覆盖度为3830万条reads。这些数据包含了在n=4名健康男女供体和n=3名因SURF1基因突变导致寿命改变线粒体疾病的供体的原代人成纤维细胞系复制性寿命期间，以高时间频率（每11天，每个供体约7个时间点）收集的基因表达轨迹。该数据集可与沿寿命平行收集的其他测量数据整合，包括细胞学（细胞大小、形态）、生物能量学（能量消耗、基于Seahorse推导的ATP合成速率）、表观遗传学（DNA甲基化，GSE179847）、分泌蛋白、端粒长度和全基因组测序（WGS）数据。

该数据集还包括针对氧化磷酸化（OXPHOS）和糖酵解以及糖皮质激素信号通路的实验操作处理，为研究应激和生物能量学对人类衰老生物学的影响提供了机会。所有经过处理的数据均可在我们的网络工具中访问和浏览：https://columbia-picard.shinyapps.io/shinyapp-Lifespan_Study/

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。