原代人成纤维细胞线粒体遗传、代谢与内分泌扰动纵向DNA甲基化数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179847

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

当前DNA甲基化数据集（n=479）提供了体外培养、经历细胞寿命衰老的原代人成纤维细胞的表观遗传图谱。该数据集使用Illumina EPIC bead array生成，包含866,091个CpG位点的DNA甲基化水平（0-1.0）。这提供了在整个复制性寿命期间以高时间频率（每8天，每名供者约7个时间点）收集的DNA甲基化轨迹，样本来自n=6名健康和n=3名患有由SURF1基因突变引起的改变寿命的线粒体疾病的男性和女性供者的原代人成纤维细胞系。该数据集可与沿寿命平行收集的其他测量数据整合，包括细胞学（细胞大小、形态）、生物能量学（能量消耗、来自Seahorse的衍生ATP合成速率）、基因表达（RNA测序，GSE179848）、分泌蛋白、端粒长度和全基因组测序（WGS）数据。

该数据集还包括针对氧化磷酸化（OXPHOS）和糖酵解以及糖皮质激素信号通路的实验操作处理，为研究应激和生物能量学对人类衰老生物学的影响提供了机会。所有经过处理的数据均可在我们的网络工具中访问和浏览：https://columbia-picard.shinyapps.io/shinyapp-Lifespan_Study/

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。