M. guilliermondii 对巨噬细胞吞噬的响应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE151500

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

致病性念珠菌属真菌是机会性、医院相关性血流感染的主要病因，死亡率高，通常发生于免疫功能低下患者。包括感染最常见病因白色念珠菌在内的数个物种，属于酵母菌的单系CUG进化支。关于白色念珠菌与先天免疫细胞相互作用已有较多了解，这些免疫细胞对控制感染至关重要。白色念珠菌被吞噬后，会诱导数个参与非葡萄糖碳源分解代谢途径的转录，这些途径对毒力很重要，被称为替代碳代谢。然而，其他CUG进化支物种的反应尚未得到表征。在另一个数据集中，我们分析了六种念珠菌对原代小鼠骨髓来源巨噬细胞的转录反应。在此，我们额外分析了M. guilliermondii的反应，这种酵母已知可引起播散性念珠菌病以及皮肤感染。我们发现，与其他CUG进化支念珠菌物种相似，它对吞噬作用产生了强烈的替代碳代谢反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。