GSE131705：乳糜泻转录组特征显示上皮增殖诱导伴代谢功能抑制

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE131705

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景与目的：乳糜泻由麸质暴露诱发，但十二指肠内由此产生的致病过程尚不明确。我们旨在确定治疗前诊断性十二指肠活检中的核心乳糜泻转录组特征及病理通路。方法：我们使用mRNA测序来定义54例儿童乳糜泻患者和非乳糜泻对照者治疗前诊断性十二指肠的基因表达，并在一个由40名参与者组成的独立队列中验证我们的关键发现。我们进一步在177例克罗恩病患者和对照者中定义了相似和差异的基因及通路。结果：我们观察到乳糜泻患者成熟上皮代谢功能显著受抑，与克罗恩病特征有大量重叠。上调特征中可见明显的适应性免疫反应，包括干扰素反应、α-β和γ-δ T细胞，与克罗恩病特征有一定程度的重叠。然而，我们鉴定出一个乳糜泻特异性特征，与细胞增殖、核分裂和细胞周期活性增加相关，且如CCNB1和Ki67染色所示，该特征主要定位于上皮。

最后，我们展示了转录组数据在发现队列和验证队列中正确区分疾病状态与健康状态的实用性。结论：我们的数据为乳糜泻发病机制提供了见解，并能为应对这一高发疾病激发新的方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。