地中海涡虫比较转录组分析和单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE115280

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：在冠轮动物总门中，很少有生物能像淡水涡虫那样快速进行基因功能测试和单细胞转录组学研究。特别是地中海涡虫（Schmidtea mediterranea）已成为研究成体干细胞生物学和再生机制的有力模型。尽管如此，系统性地界定基因组成及其注释的工作仍然缺乏，这限制了旨在详细阐述生化途径保守性和识别谱系特异性创新的比较分析。结果：在本研究中，我们比较了多个转录组，并确定了一组可靠的35,232个转录本。在此基础上，我们对地中海涡虫进行了系统的基因注释，并开展了基因组规模的代谢重建。通过跨物种基因内容比较，我们识别出了保守的、谱系特异性的以及扩张的基因家族，这些可能有助于涡虫的再生特性。特别地，我们发现TRAF和钙黏蛋白基因家族在涡虫中发生了显著扩张。

我们进一步提供了对2000个细胞的单细胞RNA测序分析，揭示了由独特基因表达特征定义的已知和新型细胞类型。其中包括一种新型间充质细胞群体以及一种参与眼再生的细胞类型。整合我们的代谢重建进一步揭示了特定细胞类型在多大程度上调整能量和核苷酸生物合成途径以支持其专门角色。结论：总体而言，地中海涡虫(S. mediterranea)与其他模型系统展现出高水平的基因和通路保守性，使其成为研究这些通路在干细胞生物学和再生中作用的可行模型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。