人骨髓基质细胞（BMSCs）全局转录组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-24871

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

摘要 背景：骨髓基质细胞（BMSCs）正被用于免疫调节、抗炎和组织工程应用，但其发挥这些效应的特性尚未完全明了。对人BMSCs进行了表征，以识别可能与其临床效应相关的因素及评估其质量的生物标志物。方法：将来自4名健康受试者骨髓穿刺样本的早期传代BMSCs与3份人胚胎干细胞（hESC）样本、3名健康受试者的CD34+细胞及3个成纤维细胞系进行了比较。使用含有超过35,000个探针的寡核苷酸表达微阵列对细胞进行分析。结果：BMSCs的基因表达特征与造血干细胞（HSCs）、hESCs和成纤维细胞不同。BMSCs中上调的基因涉及细胞运动、细胞间信号传导与相互作用以及增殖。

BMSC上调的基因最可能属于整合素信号传导、整合素连接激酶（ILK）信号传导、NFR2介导的氧化应激反应、Rho对肌动蛋白基础运动的调节、肌动蛋白细胞骨架信号传导、小窝介导的内吞作用、网格蛋白介导的内吞作用以及Wnt/β-catenin信号通路。其中上调最为显著的基因包括结构性细胞外基质（ECM）蛋白：α1和β1整合素链、纤连蛋白、III型α1胶原蛋白和V型α1胶原蛋白，以及功能性ECM蛋白：结缔组织生长因子（CTGF）、转化生长因子β诱导蛋白（TGFBI）和ADAM12。结论：对人类BMSC的整体分析表明，它们是具有迁移性、代谢活跃、增殖性强且具有交互作用的细胞，利用整合素及整合素信号传导。它们产生丰富的ECM蛋白，其中一些可能有助于其临床免疫调节和抗炎效应。从健康受试者骨髓穿刺液中制备了7个早期传代BMSC样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。