Graves病CD4和CD8 T细胞的表观遗传分析揭示T细胞受体信号相关基因变化 [甲基化]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-71955

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在Graves病（GD）中，遗传、表观遗传及环境因素的共同作用引发了对甲状腺的自身免疫反应，其特征为淋巴细胞浸润以及针对促甲状腺激素受体（TSHR）和其他甲状腺抗原的自身抗体。为了识别与GD相关的表观遗传变化，我们对分选出的CD4+和CD8+T细胞进行了全基因组DNA甲基化分析及H3K4me3和H3K27ac组蛋白修饰的富集分析。我们发现，在CD4+和CD8+T细胞中分别有365个和3322个差异甲基化CpG位点。在高甲基化的CpG位点中，我们特别发现了与T细胞信号传导相关的基因（CD247、LCK、ZAP70、CD3D、CD3E、CD3G、CTLA4和CD8A）的富集及CD3基因家族成员表达的降低。这种高甲基化伴随着活跃的染色质组蛋白修饰，因为在ChIP-seq分析中，我们在几个T细胞信号传导基因处发现了H3K4me3和H3K27ac标记信号的减少。此外，我们还发现了TSHR基因第一内含子的高甲基化，该区域包含多个与GD相关的多态性位点。

我们的研究结果表明，GD患者中T细胞信号基因的DNA甲基化异常和组蛋白修饰参与其中。研究对象招募自塔尔图大学爱沙尼亚基因组中心。从分选的CD4+（31名对照组和36名GD患者）和CD8+（31名对照组和37名GD患者）T细胞中提取基因组DNA。数据收集在乌普萨拉大学的SNP&SEQ技术平台进行，数据分析则在塔尔图大学生物医学与转化医学研究所完成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。