DNA甲基化与自身免疫性甲状腺疾病

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT02491567

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：桥本甲状腺炎、Graves病。已知桥本甲状腺炎（HT）和Graves病（GD）均由针对自身细胞和组织的异常免疫反应所致。HT涉及细胞介导的针对甲状腺的自身免疫性破坏，导致甲状腺功能减退。GD的发病过程为免疫细胞产生针对甲状腺上促甲状腺激素（TSH）受体的刺激性抗体，从而导致甲状腺功能亢进。尽管有大量证据表明遗传因素会增加罹患自身免疫性疾病的风险，但同卵双胞胎仍存在疾病不一致性（疾病一致率从未达到100%），这提示环境因素和表观遗传学也发挥作用。表观遗传学是生物学的一个新兴领域，研究环境与基因型相互作用、通过对染色质进行不直接改变DNA序列的修饰而产生多种表型的机制。这些修饰与基因表达改变及重复元件的沉默相关，并可通过有丝分裂遗传。

表观遗传机制包括DNA甲基化、组蛋白修饰或miRNA转录后调控。DNA甲基化涉及甲基供体S-腺苷甲硫氨酸将甲基基团共价添加至CpG二核苷酸中碳-5位点，并由一组称为DNA甲基转移酶（DNMTs）的酶介导。CpG二核苷酸通常聚集在称为CGI（岛）的区域中。CGI可见于基因的启动子区域，这些基因启动子的CpG甲基化与转录沉默相关。相反，已发现高甲基化基因具有转录活性。迄今为止，在HT和GD患者中发表的表观遗传学研究非常有限。因此，本研究的目的是分析白细胞（WBCs）中先前已被鉴定为s的基因组位点启动子区域内的DNA甲基化状态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。