数据集 Figure_6:Start 前 Cln3 水平脉冲

该数据集来自 doi.org,包含单细胞在葡萄糖培养基中从出生到出芽后数分钟的 Cln3-P2A-GFP 平均 GFP 浓度、细胞体积、出芽时间,以及用于对总 GFP 荧光进行高斯过程回归的 Matlab 脚本

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医学影像回归Medicine, Health and Life SciencesBudding yeastSaccharomyces cerevisiaeSTARTcell cycle commitmentWhi5Cln3microscopy
Dataset Figure_6:  Cln3 levels pulse prior to Start

基本信息

模态
医学影像
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

数据集 Figure_6:Start 前 Cln3 水平脉冲

Dataset Figure_6: Cln3 levels pulse prior to Start

该数据集来自 doi.org,包含单细胞在葡萄糖培养基中从出生到出芽后数分钟的 Cln3-P2A-GFP 平均 GFP 浓度、细胞体积、出芽时间,以及用于对总 GFP 荧光进行高斯过程回归的 Matlab 脚本。数据以列组织,每列对应一个细胞,首列为分钟时间点。主题涉及芽殖酵母、Saccharomyces cerevisiae、START、细胞周期决定、Whi5、Cln3 和显微成像,可用于研究 Cln3 水平脉冲与细胞周期起始的关系(来源 DOI 解析)。

【数据集背景】

源站首次发布:2022。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):数据和 Matlab 脚本 1. FLmean_Cln3_GLU:CSV 文件,包含在葡萄糖中生长的单女儿细胞的 Cln3-P2A-GFP 平均 GFP 浓度。每个细胞从出生追踪到出芽出现后几分钟。数据按列组织(一列对应一个细胞)。第一列是测量时间点向量(以分钟为单位)。2. Vol_Cln3_GLU:CSV 文件,包含上述每个女儿细胞的细胞体积。数据按列组织(一列对应一个细胞)。第一列是测量时间点向量(以分钟为单位)。3. bud_times:Excel 文件,包含上述每个女儿细胞出芽出现的时间 4. GP_FLtot_Cln3_GLU_example:Matlab 脚本,用于对上述每个女儿细胞的总 GFP 荧光执行高斯过程回归(参见 Methods 中的描述)

【主题与分类】

主题标签:Medicine, Health and Life Sciences、Budding yeast、Saccharomyces cerevisiae、START、cell cycle commitment、Whi5、Cln3、microscopy。本站分类:内分泌、营养和代谢疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://dataverse.nl/citation?persistentId=doi:10.34894/PKZZOJ

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.34894/PKZZOJ

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

数据与Matlab脚本 1. FLmean_Cln3_GLU:CSV文件,包含在葡萄糖中生长的单个子代细胞的Cln3-P2A-GFP平均GFP浓度。每个细胞从出生开始追踪,直至出芽出现后几分钟。数据按列组织(一列对应一个细胞)。第一列是测量时间点向量(单位:分钟)。 2. Vol_Cln3_GLU:CSV文件,包含上述每个子代细胞的细胞体积。数据按列组织(一列对应一个细胞)。第一列是测量时间点向量(单位:分钟)。 3. bud_times:Excel文件,包含上述每个子代细胞出芽出现的时间。 4. GP_FLtot_Cln3_GLU_example:Matlab脚本,用于对上述每个子代细胞的总GFP荧光进行高斯过程回归(参见方法部分描述)。该脚本生成单细胞Cln3丰度数据,用于生成正文图5c和扩展数据图4H。注意:要运行该Matlab脚本,需安装GPML Matlab工具箱(可在http://www.gaussianprocess.org/gpml/code/matlab/doc/免费获取)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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