数据来源:在多变环境中切换看似冗余的铁摄取机制使细菌获益
该数据集来自 Dryad,对应 2013 年关于细菌铁摄取机制的研究。研究以 Pseudomonas aeruginosa 为对象,关注其产生的两种铁载体——高效但代谢昂贵的 pyoverdine 与低效但代谢便宜的 pyochelin,探讨看似冗余的铁摄取系统为何未被选择淘汰

基本信息
资源简介
数据来源:在多变环境中切换看似冗余的铁摄取机制使细菌获益
Data from: Switching between apparently redundant iron-uptake mechanisms benefits bacteria in changeable environments
该数据集来自 Dryad,对应 2013 年关于细菌铁摄取机制的研究。研究以 Pseudomonas aeruginosa 为对象,关注其产生的两种铁载体——高效但代谢昂贵的 pyoverdine 与低效但代谢便宜的 pyochelin,探讨看似冗余的铁摄取系统为何未被选择淘汰。数据可用于分析细菌在铁限制程度变化时从主要产生 pyoverdine 转向主要产生 pyochelin 的表型切换,以及仅产生 pyochelin 的菌株在特定条件下的生长表现(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2013。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):细菌通常拥有多种基于铁载体的铁摄取系统,以从环境中获取这种至关重要的资源。然而,一些铁载体似乎冗余,因为它们的铁结合效率有限,且在铁限制条件下很少表达。在此,我们研究为何选择没有消除这种明显冗余这一难题。我们聚焦于 Pseudomonas aeruginosa,这种细菌能产生两种铁载体——高效但代谢昂贵的 pyoverdine,以及低效但代谢便宜的 pyochelin。我们发现,该细菌拥有分子机制,可在严重铁限制下主要产生 pyoverdine 转变为在铁仅中度限制时主要产生 pyochelin。我们进一步表明,仅产生 pyochelin 的菌株比仅产生 py
【主题与分类】
主题标签:fluctuating environment、iron uptake。本站分类:内分泌、营养和代谢疾病。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.jp596
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://doi.org/10.5061/dryad.jp596
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 287.3 KB。
数据说明
细菌通常拥有多种基于铁载体的铁摄取系统,以从环境中获取这一重要资源。然而,一些铁载体似乎显得冗余,因为它们的铁结合效率有限,且在铁限制条件下很少表达。在此,我们探究了为何选择并未消除这种明显冗余的难题。我们聚焦于铜绿假单胞菌,这种细菌能产生两种铁载体——高效但代谢成本高的pyoverdine,以及低效但代谢成本低的pyochelin。我们发现,该细菌具备分子机制,能在严重铁限制时主要产生pyoverdine,而在铁仅中度限制时转为主要产生pyochelin。我们进一步表明,在中度铁限制下,仅产生pyochelin的菌株生长显著优于仅产生pyoverdine的菌株,而在严重铁限制下则相反。这表明pyochelin并非冗余,而在铁载体策略之间切换可能有利于权衡铁载体的效率与成本。
事实上,基于我们的数据参数化的模拟证实,在铁可用性波动的条件下,能够保留在铁载体间切换能力的菌株显著优于那些对一种或另一种铁载体有缺陷的菌株。最后,我们探讨了铁载体切换如何被视为一种集体决策形式,即群体层面行为的协调转变是局部尺度上个体间正负反馈循环作用的结果。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失?
依托陕西、四川两大基地,我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系,覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程,为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务?立即联系我们获取专业方案。




