健康与疾病状态下人类口腔微生物组宏转录组数据
该数据集来自 Dryad，包含健康与疾病状态下人类口腔微生物组的宏转录组数据，聚焦牙周炎相关微生物群落。研究采用患者自身配对的健康与患病样本，比较牙周群落中 160,000 个基因的表达，发现健康与患病群落在代谢上存在患者间保守的差异，而单个物种的代谢基因表达高度可变
基本信息
资源简介
健康与疾病状态下人类口腔微生物组宏转录组数据
Data from: Metatranscriptomics of the human oral microbiome during health and disease
该数据集来自 Dryad，包含健康与疾病状态下人类口腔微生物组的宏转录组数据，聚焦牙周炎相关微生物群落。研究采用患者自身配对的健康与患病样本，比较牙周群落中 160,000 个基因的表达，发现健康与患病群落在代谢上存在患者间保守的差异，而单个物种的代谢基因表达高度可变。数据可用于研究口腔微生物组在健康向疾病转变中的代谢变化、感染性疾病机制及宏转录组分析（来源 DOI 解析，Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2015。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：人类微生物组在健康中发挥重要作用，但当其失调时，这些原本共生的微生物也可致病。微生物组的组成在从健康向疾病转变过程中会发生变化；然而，这些变化在患者之间往往并不保守。由于牙周炎等微生物组相关疾病尽管患者间微生物群落组成存在差异，却引起相似的症状，我们假设人类相关微生物群落在疾病过程中会发生保守的代谢变化。在此，我们使用患者自身配对的健康和患病样本，比较了健康和患病牙周群落中 160,000 个基因的表达。我们表明，健康和患病群落表现出明确的代谢差异，且这些差异在患者之间是保守的。相比之下，单个物种的代谢基因表达则高度可变。
【主题与分类】
主题标签：infectious disease、metatranscriptomics、Metagenomics、Periodontitis。本站分类：内分泌、营养和代谢疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.d41v4
使用许可：Creative Commons Zero v1.0 Universal。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5061/dryad.d41v4
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 2.94 GB。
数据说明
人类微生物组在健康中发挥着重要作用，但当其受到破坏时，这些原本共生的微生物也可引发疾病。在从健康向疾病转变的过程中，微生物组的组成会发生变化；然而，这些变化在患者之间往往并不保守。由于诸如牙周炎等微生物组相关疾病尽管在患者间微生物群落组成存在差异，却会引起相似的患者症状，我们假设人类相关微生物群落在疾病过程中会发生保守的代谢变化。在此，我们利用患者匹配的健康与疾病样本，比较了健康和患病牙周群落中16万个基因的基因表达。我们发现，健康和患病群落在代谢方面表现出明确的差异，且这些差异在患者之间是保守的。相比之下，单个物种的代谢基因表达在患者之间高度可变。这些结果表明，尽管患者间微生物组成存在高度差异，患病群落仍表现出保守的代谢谱，而这些代谢谱通常由患者特异性的微生物类群来实现。
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