三种不同致病结果相关的Chlamydia pecorum菌株基因组测序与比较分析数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.np597

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数据说明

背景：流产衣原体是多种急性疾病的病原体，但最常在反刍动物、猪和鸟类中引起持续性、亚临床感染。本研究采用Illumina/Solexa和Roche 454基因组测序技术，测定了三株流产衣原体的基因组序列，分别分离自一只无明显肠道感染绵羊的粪便（菌株W73）、一只患多关节炎绵羊的滑液（菌株P787）以及一头患子宫内膜炎奶牛的宫颈拭子（菌株PV3056/3）。结果：流产衣原体菌株与鹦鹉热衣原体之间的基因顺序和共线性几乎相同。流产衣原体与其他衣原体的差异出现在多个位点，包括可塑性区域，该区域包含一个MAC/穿孔素结构域蛋白、两个拷贝的>3400个氨基酸的推定细胞毒素基因，以及四个（PV3056/3）或五个（P787和W73）编码磷脂酶D的基因。流产衣原体含有一个几乎完整的色氨酸生物合成操纵子，编码trpABCDFR，并具有从宿主中获取犬尿氨酸的能力，然而它缺乏其他衣原体中所具有的叶酸代谢所需的folA、folKP和folB基因。

共鉴定出15种多态性膜蛋白，分属六个pmp家族。菌株拥有由18个结构基因及辅助蛋白构成的完整III型分泌系统，然而，在C. pecorum中缺失了许多广泛分布于衣原体中的假定inc效应蛋白。编码假设蛋白ORF663和IncA的两个基因含有可变数量的重复序列，这些重复可能与感染的持续性有关。结论：对源自不同疾病表现动物的三株C. pecorum进行基因组测序，揭示了菌株间ORF663和假基因内容的差异，并确定了可能影响细胞内生存、致病性及宿主免疫系统逃避的基因和代谢特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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