海藻酸降冰片烯水凝胶包裹肾类器官的RNA提取方法比较

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源站：https://doi.org/10.34894/PYPIDE

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数据说明

将肾脏类器官封装在水凝胶中可提供仿生环境，增强其用于疾病建模和药物筛选的结构与功能相关性。然而，水凝胶基质的存在对分子分析构成重大挑战，尤其是RNA提取，残留材料可能干扰产量、纯度及下游应用。本研究旨在系统评估封装于藻酸盐-降冰片烯水凝胶中的肾脏类器官的RNA提取方法，并确定适用于可靠基因表达分析的优化方案。我们比较了常用于哺乳动物组织和植物来源材料的提取方法，包括是否预先对水凝胶进行酶消化。通过分光光度法和荧光法评估RNA产量与纯度，通过Bioanalyzer分析RNA完整性，并通过管家基因的定量PCR评估下游检测中的性能。

我们的结果表明，与悬浮培养相比，封装类器官的RNA产量始终较低，这反映出封装条件下类器官尺寸较小且代谢活性降低。悬浮样本与封装样本的分光光度纯度比值存在差异，但所有方法的RNA完整性均得以保持，数值处于可接受范围内。定量PCR显示，基于TRIzol的提取方法在悬浮样本与封装样本之间引入了显著变异。相反，采用海藻酸裂解酶消化后接Maxwell RSC RNA试剂盒的方案产生了重复性最佳的结果。对照样本与封装样本的Ct值高度一致，各重复间条件间变异保持在0.5个标准差以下。这些发现凸显了调整RNA分离方案以考虑水凝胶存在的重要性。海藻酸裂解酶消化结合植物RNA提取

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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