AGORA2 Version 2.01 基因组尺度代谢重建数据集
资源包含微生物代谢模型，面向基于约束的代谢建模，以及人类与微生物组之间代谢相互作用的研究。该数据集可支撑微生物代谢表型预测、微生物群落与人体代谢互作分析等任务，适用于内分泌、营养和代谢疾病相关研究场景（来源 DOI 解析）
基本信息
资源简介
AGORA2 Version 2.01 基因组尺度代谢重建数据集
AGORA2 Version 2.01 是一个面向微生物代谢研究的数据集，提供以 MATLAB（MAT）和系统生物学标记语言（SBML）两种格式保存的基因组尺度代谢重建模型。该资源收录了微生物代谢模型，主要用于基于约束的代谢建模，以及探索人类与微生物组之间的代谢相互作用。数据集归属于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他分类，来源站为 doi.org，作者为 Thiele, Ines，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2026 年，主题标签为 Medicine, Health and Life Sciences。整体而言，该数据集为研究微生物代谢表型、微生物群落与人体代谢互作提供了模型基础，可服务于内分泌、营养和代谢疾病相关的研究场景。
【数据集背景】
该数据集以 AGORA2 Version 2.01 为名，定位于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他分类，来源站为 doi.org。其核心资源是微生物代谢模型，旨在支持基于约束的代谢建模，并用于研究人类与微生物组之间的代谢相互作用。作者为 Thiele, Ines，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2026 年，主题标签为 Medicine, Health and Life Sciences。这些背景信息表明，该数据集面向医学、健康与生命科学领域，尤其关注微生物代谢与人体代谢之间的关联。
【数据内容】
该数据集包含以 MATLAB（MAT）和 Systems Biology Markup Language（SBML）两种格式提供的基因组尺度代谢重建模型。资源主体为微生物代谢模型，这些模型可用于基于约束的代谢建模，并支持对人类与微生物组代谢相互作用的探究。数据集不涉及其他未提及的数据类型或内容。除上述格式与模型类型外，源站未提供更细粒度的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集来源站为 doi.org，机构为 Harvard Dataverse，作者为 Thiele, Ines，发布时间为 2026 年。关于具体的采集方法、样本来源、数据处理流程等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可支撑微生物代谢表型预测、微生物群落与人体代谢互作分析等任务，适用于内分泌、营养和代谢疾病相关研究场景。其微生物代谢模型面向基于约束的代谢建模，并可用于研究人类与微生物组之间的代谢相互作用。除上述场景外，源站未提供其他适用场景说明。
【使用方法】
该数据集提供 MATLAB（MAT）和 Systems Biology Markup Language（SBML）两种格式的基因组尺度代谢重建模型，可用于基于约束的代谢建模以及人类与微生物组代谢相互作用的研究。关于具体的操作步骤、软件依赖、参数设置等使用方法，源站未提供。
【质量与限制】
关于该数据集的质量评估、准确性、完整性、覆盖范围以及使用限制等信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Thiele, Ines，机构为 Harvard Dataverse，来源站为 doi.org，发布时间为 2026 年。关于具体的引用格式、许可协议、使用条款等信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/NX8C3V
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 4.92 GB。
数据说明
该数据集包含以MATLAB（MAT）和系统生物学标记语言（SBML）格式提供的AGORA2基因组规模代谢重建。该资源包含微生物代谢模型，旨在用于基于约束的代谢建模以及人类-微生物组代谢相互作用的研究。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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