ACLY驱动的代谢重编程促进组蛋白乙酰化与慢性肾脏病炎症相关纤维化
该数据集来自omicsdi.org，围绕ACLY驱动的代谢重编程在慢性肾脏病中的作用，对肾小管特异性Acly敲除小鼠与野生型小鼠开展ATAC-seq，检测染色质可及性，并包含原始测序文件
基本信息
资源简介
ACLY驱动的代谢重编程促进组蛋白乙酰化与慢性肾脏病炎症相关纤维化
该数据集围绕ACLY驱动的代谢重编程在慢性肾脏病中的作用展开，研究聚焦于肾小管特异性Acly敲除小鼠与野生型小鼠之间的染色质可及性差异。通过ATAC-seq技术对上述两类小鼠样本进行染色质可及性检测，旨在从基因组层面揭示ACLY介导的代谢重编程如何影响染色质状态，进而与组蛋白乙酰化及炎症相关纤维化过程产生关联。数据集包含原始测序文件，属于基因组学范畴，在分类上归入内分泌、营养和代谢疾病下的其他类别，来源为omicsdi.org。整体而言，该数据集为研究慢性肾脏病中代谢与表观遗传调控之间的相互作用提供了原始测序层面的数据基础。
【数据集背景】
慢性肾脏病是一种涉及代谢紊乱与炎症反应的复杂疾病。ACLY作为代谢重编程过程中的关键分子，被认为可能通过影响组蛋白乙酰化来调控炎症相关纤维化。该数据集正是针对这一科学问题，利用肾小管特异性Acly敲除小鼠与野生型小鼠作为研究对象，通过ATAC-seq检测染色质可及性，以探索ACLY缺失对肾小管细胞染色质开放状态的影响。这一背景信息来源于源站描述，反映了数据集所服务的研究方向。
【数据内容】
数据集的核心内容是针对肾小管特异性Acly敲除小鼠和野生型小鼠开展的ATAC-seq实验所产生的原始测序文件。ATAC-seq用于检测染色质可及性，因此这些原始测序文件可用于后续分析染色质开放区域的变化。数据集的主题标签为Genomics，表明其属于基因组学数据。除原始测序文件外，源站未提供关于样本数量、测序深度、文件格式或具体数据量的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。根据源站描述，研究者在肾小管特异性Acly敲除小鼠与野生型小鼠中进行了ATAC-seq实验，以检测染色质可及性。数据集包含原始测序文件。关于样本采集的具体组织、时间点、重复数以及测序平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于基因组学与表观遗传学相关研究，尤其是关注慢性肾脏病中代谢重编程、染色质可及性、组蛋白乙酰化以及炎症相关纤维化之间关系的分析。研究人员可利用这些原始测序文件进行ATAC-seq数据分析，例如识别开放染色质区域、比较Acly敲除与野生型小鼠之间的染色质可及性差异，进而探索ACLY在肾脏疾病中的表观遗传调控作用。此外，该数据集也可用于方法学验证或作为相关研究的对照数据。具体适用场景需结合源站描述及原始数据质量进行判断。
【使用方法】
使用者可基于原始测序文件开展ATAC-seq标准分析流程，包括序列比对、峰值 calling、差异可及性分析等。由于数据集包含的是原始测序文件，使用前通常需要进行质量控制与预处理。具体分析步骤应依据研究目的和所用工具确定。源站未提供关于数据下载方式、文件组织格式或推荐分析流程的进一步说明。
【质量与限制】
该数据集来源于omicsdi.org，包含ATAC-seq原始测序文件。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、重复性、批次效应或技术偏差的具体信息。因此，在使用时需自行进行质量控制，并注意样本类型仅涉及肾小管特异性Acly敲除小鼠与野生型小鼠，结论外推需谨慎。此外，数据集仅包含ATAC-seq数据，未涵盖其他组学层面，可能限制对代谢重编程与组蛋白乙酰化、炎症纤维化之间因果关系的全面推断。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者应参考omicsdi.org上该数据集的原始页面以获取相关说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE306009
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Conducted chromatin accessibility by ATAC-seq in tubule-specific Acly knockout and WT mice. The dataset includes raw sequencing files.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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