吡格列酮治疗后PCOS患者骨骼肌转录谱分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-8157

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胰岛素抵抗是多囊卵巢综合征（PCOS）女性中常见的代谢异常，并导致2型糖尿病风险升高。研究表明，噻唑烷二酮类药物（TZD）可改善PCOS患者的代谢紊乱。我们假设TZD在PCOS中的效应部分是通过改变肌肉的转录谱、使其有利于胰岛素敏感性所介导的。我们使用Affymetrix微阵列，检测了吡格列酮（30 mg/天，共16周）对10名肥胖PCOS女性骨骼肌基因表达的影响，这些患者均通过正常血糖-高胰岛素钳夹试验进行了代谢特征评估。此外，我们还探索了这些PCOS患者治疗前与13名健康对照女性之间的基因表达变化。吡格列酮治疗改善了胰岛素刺激的总葡萄糖代谢、氧化性和非氧化性葡萄糖代谢，并降低了空腹血清胰岛素（均p < 0.05）。

使用基因图谱注释器和通路分析器（GenMAPP 2.1）及基因集富集分析（GSEA 2.0.1）进行的全局通路分析显示，在接受吡格列酮治疗的PCOS患者中，涉及线粒体氧化磷酸化（OXPHOS）、核糖体蛋白、mRNA加工反应组、翻译因子以及蛋白酶体复合物的基因显著上调。实时定量PCR表明，OXPHOS基因的上调是由PGC-1M-NM-1表达增加所介导的（p < 0.05）。使用GenMAPP 2.1和GSEA 2.1比较，治疗前PCOS患者中涉及核糖体蛋白和OXPHOS的基因表达相较于匹配的健康女性是下调的。这些数据表明，吡格列酮治疗部分通过协调上调PCOS患者骨骼肌中参与线粒体氧化代谢和蛋白质生物合成的基因来恢复胰岛素敏感性。吡格列酮治疗的这些转录效应可能有助于预防这些女性发生2型糖尿病。实验总体设计：十名患有PCOS的肥胖育龄女性参与

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。