PRJNA1327363：MEF2C转录因子网络调控糖尿病肾病肾小球内皮细胞增殖
该数据集来自NCBI，聚焦糖尿病肾病中肾小球内皮细胞与系膜细胞从健康到损伤的空间调控与转变。研究基于74例人类肾脏样本，整合单核RNA测序、单核ATAC测序及三种正交空间转录组技术，识别细胞生态位、细胞间通讯、细胞损伤轨迹及调控转录因子网络，并与组织病理学和临床试验数据关联
基本信息
资源简介
PRJNA1327363：MEF2C转录因子网络调控糖尿病肾病肾小球内皮细胞增殖
PRJNA1327363 数据集来自 NCBI，围绕糖尿病肾病（DKD）中肾小球内皮细胞与系膜细胞从健康状态向损伤状态转变的空间调控机制展开。研究以 74 例人类肾脏样本为基础，整合单核 RNA 测序、单核 ATAC 测序以及三种正交空间转录组技术，系统识别肾小球毛细血管内皮细胞与系膜细胞所处的细胞生态位、细胞间通讯、细胞损伤轨迹及调控转录因子网络，并将多组学结果与组织病理学和临床试验数据进行关联。该数据集属于内分泌、营养和代谢疾病 / 糖尿病分类，主题标签为 Other，适合用于探索糖尿病肾病中肾小球细胞微环境的空间组织规律与转录调控机制。
【数据集背景】
维持健康的上皮—内皮毗邻关系，需要肾小球细胞生态位内部的相互作用。该研究旨在理解糖尿病肾病中内皮细胞和系膜细胞从健康到损伤的空间锚定调控与转变过程。研究关注肾小球毛细血管内皮细胞（EC-GC）和系膜细胞，试图在空间层面揭示细胞状态变化及其调控基础，为理解糖尿病肾病的细胞病理机制提供多组学依据。
【数据内容】
数据集包含来自 74 例人类肾脏样本的单核 RNA 测序和单核 ATAC 测序数据，以及三种正交空间转录组技术产生的数据。研究据此识别肾小球中的细胞生态位、细胞间通讯、细胞损伤轨迹和调控转录因子（TF）网络。在糖尿病肾小球中，研究识别出一个富集增殖性内皮细胞亚型（prEC）并伴有血管平滑肌细胞（VSMC）改变的细胞生态位。数据还与组织病理学和临床试验数据进行关联分析。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为“PRJNA1327363: A MEF2C transcription factor network regulates proliferation of glomerular endothelial cells in diabetic kidney disease”。样本为 74 例人类肾脏样本，采集技术包括单核 RNA 测序、单核 ATAC 测序及三种正交空间转录组技术。源站未提供更详细的样本采集地点、时间范围与伦理审批信息。
【适用场景】
该数据集适用于糖尿病肾病相关的多组学研究，尤其是肾小球内皮细胞与系膜细胞的空间转录组分析、单核多组学整合分析、细胞生态位识别、细胞间通讯推断、细胞损伤轨迹构建以及转录因子调控网络分析。也可用于将多组学结果与组织病理学特征和临床试验数据进行关联探索，支持对糖尿病肾小球中增殖性内皮细胞亚型和血管平滑肌细胞改变的研究。
【使用方法】
源站未提供具体的数据访问路径、文件格式、预处理流程和分析代码说明。使用者需依据 NCBI 平台的相关数据条目获取原始或处理后数据，并结合单核 RNA 测序、单核 ATAC 测序和空间转录组数据的常规分析流程开展整合分析。源站未提供推荐软件、参数设置或分析步骤。
【质量与限制】
源站未提供数据质量评估指标、批次效应处理情况、样本纳入排除标准及数据完整性说明。由于涉及多种测序技术和空间转录组平台，数据整合与分析复杂度较高。源站描述在“Cellular communication”处中断，未提供该部分及后续内容的完整信息。使用时应关注源站未覆盖的技术细节与潜在限制。
【引用与许可】
源站未提供引用格式、许可协议或数据使用条款信息。使用该数据集前应向 NCBI 源站条目核实相关引用要求与使用规定。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1327363
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
维持健康的上皮-内皮毗邻关系需要肾小球细胞生态位内的交互对话。我们试图理解糖尿病肾病（DKD）中内皮细胞和系膜细胞从健康状态向损伤状态转变的空间锚定调控与过渡机制。从74份人类肾脏样本中，我们采用整合多组学方法，识别肾小球毛细血管内皮细胞（EC-GC）和系膜细胞中的细胞生态位、细胞间通讯、细胞损伤轨迹及调控转录因子（TF）网络。数据来源于单核RNA和ATAC测序以及三种正交空间转录组技术，并与组织病理学和临床试验数据进行关联分析。我们在糖尿病肾小球中鉴定出一个细胞生态位，该生态位富集增殖性内皮细胞亚型（prEC）和改变的血管平滑肌细胞（VSMCs）。该生态位内的细胞通讯维持了促血管生成信号，同时抗血管生成因子丢失。我们鉴定出一个由MEF2C、MEF2A和TRPS1组成的TF网络，该网络调控SEMA6A和PLXNA2——一对拮抗血管生成的受体-配体。
在该Visium FFPE数据集中观察到，富含prEC微环境的肾小球具有新血管形成的组织学证据，并且在伴有结节性系膜硬化的糖尿病肾小球中MEF2C活性增加。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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