2型糖尿病免疫代谢内型定义不同临床轨迹 [scRNA-seq II]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE309943

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

2型糖尿病（T2D）表现出显著的异质性，然而当前的分类并未完全体现其免疫复杂性。在此，我们提供了来自新诊断T2D患者的循环CD14⁺单核细胞（bulk RNA-seq）和外周血单个核细胞（PBMCs，单细胞RNA-seq）的转录组数据集。利用中性粒细胞、淋巴细胞和单核细胞计数，通过无监督聚类将患者分为四种免疫内型：重度炎症性糖尿病（SIND）、轻度炎症性糖尿病（MIND）、淋巴细胞丰富型糖尿病（LYRD）和淋巴细胞缺陷型糖尿病（LYDD）。Bulk和单细胞转录组分析揭示了内型特异性的免疫特征，包括SIND中CCR2hi和CD39hi经典单核细胞的选择性扩增、与趋化性和髓系激活相关的单核细胞状态的富集，以及适应性免疫程序的改变。这些特征受到IL-1β拮抗和减重手术诱导缓解的调节。该数据集为探索T2D的免疫异质性提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。