MEF2C转录因子网络调控糖尿病肾病肾小球内皮细胞增殖数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307817

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

维持健康的上皮-内皮毗邻关系需要肾小球细胞生态位内的交互对话。我们试图理解糖尿病肾病（DKD）中内皮细胞和系膜细胞从健康状态向损伤状态转变的空间锚定调控与过渡机制。从74份人类肾脏样本中，我们采用整合多组学方法，识别肾小球毛细血管内皮细胞（EC-GC）和系膜细胞中的细胞生态位、细胞间通讯、细胞损伤轨迹及调控转录因子（TF）网络。数据来源于单核RNA和ATAC测序以及三种正交空间转录组技术，并与组织病理学和临床试验数据进行关联分析。我们在糖尿病肾小球中鉴定出一个细胞生态位，该生态位富集增殖性内皮细胞亚型（prEC）和改变的血管平滑肌细胞（VSMCs）。该生态位内的细胞通讯维持了促血管生成信号，同时抗血管生成因子丢失。我们鉴定出一个由MEF2C、MEF2A和TRPS1组成的TF网络，该网络调控SEMA6A和PLXNA2——一对拮抗血管生成的受体-配体。

在该Visium FFPE数据集中观察到，富含prEC微环境的肾小球具有新血管形成的组织学证据，并且在伴有结节性系膜硬化的糖尿病肾小球中MEF2C活性增加。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。