利用多模态人足细胞损伤模型发现肾病靶点

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302890

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

足细胞损伤是慢性肾脏病（CKD）的标志性特征，但不同的损伤信号是扰动统一还是各异的分子靶点，目前尚不清楚。利用人诱导多能干细胞（hiPSC）来源的足细胞，我们通过暴露于糖尿病性、炎症性、化学毒性、生物力学和感染性应激因素来模拟细胞损伤。转录组分析揭示了不同损伤模式下基因表达的共同和独特变化。虽然药物诱导的损伤引发了更广泛的转录反应，但在各模型中均鉴定出与溶酶体功能、RNA代谢和免疫激活相关的保守通路。重要的是，我们发现NEU1、CD82、ABI3BP和ADAM17是人足细胞损伤的靶点。我们证实了这些靶点在肾脏疾病患者活检组织中的富集，强调了其体内相关性及作为治疗靶点的潜力。这些发现凸显了人源相关实验模型的价值，并为足细胞损伤反应提供了见解，为未来的精准医学方法提供了框架。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。