缺氧触发人肾脏类器官适应不良修复特征 [bulk RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE236379

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性肾脏病（CKD）影响超过一半的70岁以上成年人以及全球13%的人口。肾纤维化的发展与CKD期间肾功能丧失密切相关，涉及细胞损伤、细胞外基质蛋白的过度产生以及炎症。目前的治疗侧重于控制血压、控制糖尿病以及类固醇疗法；然而，我们尚无抑制肾纤维化的治疗方法。由于缺氧在CKD的发生和进展中起关键作用，我们开发了一种诱导多能干细胞来源的肾脏类器官新模型，以在人类模型中体外研究纤维化的发展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。