GSE209781：糖尿病肾病肾脏单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE209781

标准获取流程：

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

糖尿病肾病（DKD）是糖尿病常见且具破坏性的微血管并发症，是终末期肾病（ESRD）的主要原因。由于DKD中肾损伤的机制在很大程度上尚不清楚，我们使用10×Genomics对从3例DKD和3例正常样本收集的人肾脏进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）。在我们的研究中，共有51315个细胞被纳入分析，并鉴定出九种肾脏细胞类型和七种免疫细胞类型。足细胞、系膜细胞、内皮细胞、近端小管和巨噬细胞的细胞类型特异性基因表达和信号通路变化表明，与炎症、凋亡、氧化应激、细胞外基质积累和免疫激活相关的异常调节。特别是，我们发现足细胞和肾小管上皮细胞具有巨大的再生能力，这参与损伤的修复。而细胞外囊泡作为细胞间通讯的重要介质，可能在这一过程中发挥重要作用。此外，我们还鉴定了负责DKD进展的新候选转录因子。

我们还揭示了M1-M2混合模式，其中M1和M2在DKD巨噬细胞中呈耦合激活状态。此外，我们展示了肾脏细胞与肾脏细胞之间或肾脏细胞与免疫细胞之间复杂的细胞间相互作用。因此，我们的研究将进一步加深对DKD发病机制的理解，并为未来治疗提供新的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。